Que peuvent apporter les approches Big Data en biologie? Peuvent-elle être traitée de manière agnostique. Peuvent-elle remplacer la réflexion théorique?
Abstract
Certains auteurs affirment que l’analyse des grandes bases de données pourrait remplacer la méthode scientifique. A contrario, nous argumentons que la bonne manière de faire fructifier ces nouveautés techniques est de les encadrer théoriquement. En biologie, en particulier, il nous semble urgent de développer une théorie des organismes.
Nous décrivons trois principes proposés pour une théorie des organismes : l'état par défaut des cellules et les principes de variation et d'organisation.
Abstract
Les organismes, qu’ils soient uni ou multi-cellulaires, sont des agents capables de créer leurs propres normes ; ils articulent continuellement leur capacité à créer de la nouveauté et de la stabilité, c’est-à-dire qu’ils combinent plasticité et robustesse. Ici, nous présentons et articulons brièvement les trois principes proposés récemment pour une théorie des organismes, à savoir : l’état par défaut, prolifération avec variation et motilité, le principe de variation et le principe d’organisation. Ces principes modifient profondément les observables biologiques et leur nature théorique par rapport aux cadres des théories physiques. Ce changement radical ouvre la possibilité d’ancrer la modélisation mathématique à des principes proprement biologiques.
Qu'est ce que la science pour vous? Dialogue entre Candido et Cinico sur la nature de la science. Humilité, méthode, institutions, psychologie.
Abstract
Deux collègues chercheurs terminent une longue réunion de travail. Ils décident de boire un verre ensemble dans un café voisin. Le bon vin y étant sans doute pour quelque chose, ils se retrouvent à confronter leurs points de vue sur un sujet ô combien difficile...
We analyze repetitiveness, reversibility and irreversibility in theoretical population genetics and disentangle concepts that are often confused.
Abstract
Repetitiveness and reversibility have long been considered as characteristic features of scientific knowledge. In theoretical population genetics, repetitiveness is illustrated by a number of genetic equilibria realized under specific conditions. Since these equilibria are maintained despite a continual flux of changes in the course of generations (reshuffling of genes, reproduction…), it can legitimately be said that population genetics reveals important properties of invariance through transformation. Time-reversibility is a more controversial subject. Here, the parallel with classical mechanics is much weaker. Time-reversibility is unquestionable in some stochastic models, but at the cost of a special, probabilistic concept of reversibility. But it does not seem to be a property of the most basic deterministic models describing the dynamics of evolutionary change at the level of populations and genes. Furthermore, various meanings of “reversibility” are distinguished. In particular, time-reversibility should not be confused with retrodictability.
Keywords: population genetics, repetition, retrodiction, reversibility
