Modéliser des systèmes de cellules est un besoin commun en biologie et pour lequel il n’y pas de méthode standard. Dans ce séminaire, nous présenterons deux approches de ce problème. Nous discuterons en particulier l’interaction entre modélisateurs et biologistes, et l’articulation entre modèles et phénomènes biologiques.
Faculté des Sciences et Technologies, Vandoeuvre les Nancy
L’allométrie est l’analyse de la variation de certaines grandeurs (métabolisme, rythmes, ...) en fonction de la taille de l’objet considéré. Elle procède d’une hypothèse de symétrie entre des objets de tailles différentes et a conduit à des résultats remarquables en biologie. Cependant, ces résultats sont le lieu de conflits d’interprétation entre un point de vue physique, où les relations allométriques sont conçues comme une « loi de la nature » et un point de vue plus biologique où l’historicité du vivant et les exceptions sont mises en valeur. Pour expliciter cette différence de point de vue, nous allons discuter les bases théoriques de la phylogénie, c’est-à-dire la classification évolutive des êtres vivants. Dans la théorie de l’évolution, la variation, une asymétrie, est un principe premier et ce n’est que dans un deuxième temps que certains caractères peuvent être interprétés comme plus ou moins symétriques (conservés). Ici donc, les symétries pertinentes sont les homologies, les caractères ayant une origine commune située historiquement. Nous proposerons enfin un cadre conceptuel permettant d’articuler l’épistémologie de la physique où les symétries fondamentales sont postulées et celle de la biologie, où les symétries apparaissent de manière historique.
Dans cette présentation nous développons deux principes théoriques qui opèrent ensemble pour permettre de comprendre les organismes vivants dans leurs spécificités. Le premier principe est un principe de variation, et nous montrons qu'il conduit à distinguer fortement les objets biologiques des objets physiques. Le second est un principe d'organisation, s’appuyant sur une tradition riche en biologie théorique et qui met l'accent sur l'interdépendance des parties d'un organisme. Ces deux principes, combinés à la notion d'état par défaut, conduisent à un concept de contrainte biologique opératoire, riche et original.
